I'm sure that some of these are already mentioned in this thread (and sure there are others I'm missing), but I thought I'd put these all in one place. These are all dictionaries or databases - good reference materials, not learning materials per se.
Monolingual Estonian online dictionaries:
Sõnaveeb general dictionary, with case forms and examples
Eesti keele seletav sõnaraamat EKSS 2009 general dictionary, with definitions
Eesti õigekeelsussõnaraamat ÕS 2018 general dictionary, mainly orthographical
Eesti keele põhisõnavara sõnastik basic dictionary (5000 words, illustrated)
Fraseoloogiasõnaraamat phrases
Eesti etümoloogiasõnaraamat etymologies
Sünonüümisõnastik thesaurus
Eesti keele tesaurus another thesaurus
Antonüümisõnastik antonyms
Sihitisesõnastik object case use
Estonian-English and English-Estonian online dictionaries:
Aare Eesti-Inglise Eesti sõnaraamat
Filosoft Inglise-eesti sõnastik
IBS English-Estonian Dictionary
Nastik English-Estonian, Estonian-English dictionary
Linguee English-Estonian
Linguee Estonian-English
Inglise-eesti masintõlkesõnastik machine translation dictionary
Esterm Eesti Keele Instituudi mitmekeelne terminibaas multilingual database of terms
Inglise-eesti meresõnaraamat sea/sailing terminology
Estonian-Finnish and Finnish-Estonian online dictionaries:
Soome-eesti suursõnaraamat
Eesti-soome sõnaraamat
Sanakirja.org
Ilmainen Sanakirja
Linguee Eesti-Soome
Linguee Suomi-Viro
Esterm Eesti Keele Instituudi mitmekeelne terminibaas
Some other useful language tools:
Keelveeb collection of dictionaries
EKI sõnaraamatud collect of dictionaries
e-keelenõu language usage (in Estonian)
Keeleabi EKI Keelenõuanne (style guide in Estonian)
Eesti keele käsiraamat language handbook in Estonian
Eesti keele süntesaator gives all declensions and conjugations for any word
Eesti keele morfanalüsaator morphoanalyzer (divides words into roots, affixes, cases)
Eesti keele lemmatiseerija provides lemmas for words
Eesti keele poolitaja divides words into syllables
Eesti keele speller online spellchecker