Pianeta probabilmente perché era maschile in latino (non sono sicuro al 100%... qualcuno che sa il latino può confermare se
planēta è maschile?), tant'è che anticamente si diceva
pianeto.
Cometa etimologicamente era maschile (latino
cometes o
cometa, a sua volta dal greco
κομήτης), poi non so perché è diventato femminile.
Non esiste una regola fissa secondo cui una certa terminazione sia sempre maschile o femminile.
E.g.
M: poeta, profeta - entrambi /-ɛta/.
F: /-eta/: seta, creta, feta; /-ɛta/: meta, zeta.
Spesso il genere segue l'etimologia, ma a volte è diverso. Ciò crea problemi nell'apprendimento di altre lingue romanze, dove parole con la stessa origine hanno diverso genere.